与鼻咽拭子相比，口咽拭子采样有时会因为刺激性反应，较难达到规范性采样要求。加上，由于我们的饮食、饮水和吞咽动作，会在一定程度上降低口咽部的病毒富集度，导致口咽拭子的阳性检出率低于鼻咽试子。实际观察和比较中，也发现鼻咽拭子的阳性检出率高于口咽拭子。
当然，影响样本阳性检出率，还有其他因素，如采样时机，通常病人发病后1周内采集的标本阳性检出率高，而超过10天以后，由于咽部含有病毒的细胞浓度降低，检出率也会随之降低，一般没有必要两种采样同时进行。
咽拭子标本的采集方法
通知患者检查目的、采集方法、采集时间。 使用药物前比较好采集标本。
1 .目的：从咽或扁桃体采集分泌物进行细菌培养或病毒分离，协助临床诊断和。
2 .准备采样用品：一次性采样拭子、病毒采样管、舌压板和生物袋
3 .操作方法：
(1) .请让患者坐下，头向后仰，张开大嘴发出“啊~”的声音。
(2) .取样者按压舌板固定患者的舌头，用一次采样咽拭子越过舌根到达咽后壁和扁桃体的隐窝、侧壁等
(3) .反复擦拭3~5次，收集粘膜细胞和痰液
(4) .轻轻取出拭子，以免接触舌头、悬垂锤体、口腔粘膜、唾液
(5) .将拭子轻轻地垂直放入病毒采集管，折叠擦拭器的尾部，扔掉其尾部，完全放在管中，注意擦拭器不要接触管壁。
(6) .拧紧管子盖，做好标记，放入生物安全袋中密封。
(7) .不能及时送到实验室进行检查，必须在低温下保存。
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